Налоги, доначисленные по результатам проверки, включаются в расходы по налогу на прибыль. 
Например, если вам доначислили страховые взносы (с 1 января 2017 года это относится к НК РФ), или вам доначислили налог на имущество, то вы имеете право скорректировать свою декларацию по налогу на прибыль и уменьшить сумму платежа по этому налогу, т.е. поставить доначисленные налоги в затратную часть. 

Для включения доначислений в расходы предприятия должны самостоятельно подать уточненную декларацию по налогу на прибыль.

Постановление АС Московского округа от 4.07.2016г. по делу №А40-143307/2015.

Организация, перешедшая с 1 января 2017 года на централизованное исчисление и уплату страховых взносов, обязана уведомить налоговый орган о лишении обособленных подразделений полномочий по начислению и выплате вознаграждений в пользу работников 
Организации, имеющие обособленные подразделения, которые наделены полномочиями по выплате вознаграждений в пользу работников, обязаны уплачивать страховые взносы и представлять расчеты по месту нахождения организации и по месту нахождения обособленных подразделений. 
Представление расчетов по страховым взносам и уплата страховых взносов организацией исключительно по месту своего нахождения возможно в случае, если организация самостоятельно начисляет выплаты и иные вознаграждения в пользу всех работников, в том числе в пользу работников обособленных подразделений.

Путевку в санаторий для оздоровления работника облагают взносами, даже если ее оплатили за счет ФСС.   
Правомерность неначисления взносов, скорее всего, придется отстаивать в суде.

Документ: Письмо Минфина России от 14.02.2017 N 03-15-06/8071

Указанные пособия исчисляются исходя, в частности, из величины среднего дневного заработка. 
Данная величина определяется путем деления суммы начисленного заработка за два календарных года (по общему правилу - предшествующих году наступления отпуска) на число календарных дней в этом периоде. 
В связи с тем, что 2016 календарный год был високосным годом, количество календарных дней, приходящихся на период 2015 - 2016 гг., равняется 731. 
Законодательством установлена возможность замены календарных лет (календарного года) расчетного периода. 
Таким образом, расчетный период может состоять из 730 календарных дней (если расчетный период состоит из 2014 и 2015 годов), а также 732 календарных дней (если в расчетный период берутся 2012 и 2016 годы). 
В любом случае средний дневной заработок для исчисления указанных пособий не может превышать величину, определяемую путем деления на 730 суммы предельных величин базы для начисления страховых взносов в ФСС России. 
Предельный размер среднего дневного заработка для исчисления пособия по беременности и родам, ежемесячного пособия по уходу за ребенком, по страховым случаям, наступившим в 2017 году, составляет 1901,37 рубля ((718000,00 + 670000,00) / 730).

Письмо ФНС России от 06.03.2017 N БС-4-11/4047@

На сайте Минпромторга России обновлен Перечень дорогостоящих автомобилей для расчета транспортного налога за налоговый период 2017 года.
В новый Перечень включено более 900 марок и моделей автомобилей (в Перечне на 2016 год было 708 позиций).
В соответствии с Налоговым кодексом РФ налог на автомобили средней стоимостью от 3 млн. рублей рассчитывается с учетом повышающих коэффициентов (от 1,1 до 3) в зависимости от года выпуска автомашины.
Организации, на балансе которых находятся автомобили из указанного Перечня, рассчитывают налог самостоятельно с применением повышающих коэффициентов и уплачивают авансовые платежи по налогу в течение 2017 года.